Der Landkreis ist zu 46 Prozent von ausgedehnten Wäldern bedeckt. Die Berge sind bis zur Waldgrenze auf etwa 1650m Höhe bewaldet. Unterbrochen werden die Wälder nur von Karen, Felsen, Almflächen und in den touristisch erschlossenen Gebieten auch von Schiabfahrten.

Der vorherrschende Waldtyp, vor allem im Südteil des Landkreises ist der Bergmischwald (im Bild rechts: Bergmischwald unter der Alpspitze). Dieser besteht aus der flachwurzelnden Fichte, der tiefwurzelnden Tanne, die auch auf nassen Böden wachsen kann, aus der Buche mit ihrer Herzwurzel und dem tief wurzelnden Bergahorn. Diese Baumarten ergänzen sich gegenseitig und sind auch bei der Nährstoffaufnahme keine Konkurrenten.  Das abfallende Laub und die abfallenden Nadeln bilden einen lebendigen, nährstoffreichen Waldboden.

Zusätzlich findet man noch, je nach Höhenlage und Bergseite die Trockenheit anzeigende Mehlbeere, die Schatten liebende Eibe, die Lärche, die Vogelbeere, die Birke, die Kirsche, in den Schluchten die Esche und  die Ulme. Nasse Stellen werden von Weißerlen besiedelt. In den Hochlagen bilden die Latsche und die Grünerle ausgedehnte Bestände.

Im Norden findet man auch andere Waldtypen, wie attraktive Laubwälder auf den Köcheln im Murnauer Moos oder aber auch einförmige Fichtenmonokulturen.

Die Wälder sind unverzichtbar, schützen sie doch die tieferen Lagen vor Lawinen und Steinschlag. Sie garantieren uns ganzjährig sauberes, frisches Wasser und mildern Hochwässer ab.

Auch deshalb ist unser Landkreis, zur Verminderung des Waldsterbens ganz besonders auf Verminderung der Luftschadstoffe angewiesen.

In den Zeiten des beginnenden Klimawandels steht der Waldbau vor großen Herausforderungen. Wir wissen heute nicht. wie sich die Waldzusammensetzung ändern wird. Um dauerhaft stabile Wälder zu erhalten ist der Förster gefordert eine möglichst große Vielzahl der heimischen Baumarten in den Wäldern in stabiler Mischung zu erhalten.